通常冷冻干燥机(简称：冻干机)包括以下几个系统：
1.制冷系统
制冷系统由制冷压缩机及辅助设施构成，为干燥箱和冷阱提供冷源。(制冷系统中，除装有显示的高、低压压力表外还装有压力控制器。当高压压力过高时高压继电器动作，压缩机停止工作)
2.真空系统
真空系统由干燥箱、冷阱、真空阀门、真空泵、真空管道、真空测量规管等部分组成。真空泵组组成强大的抽吸能力，一方面促使干燥箱的水分在真空状态下升华，另一方面该系统在冷阱和干燥箱之间形成一个真空度压力差，使干燥箱水分升华后被冷阱捕获。
3.循环系统
冷冻干燥和加热是依靠温差引起物质传递的一种工艺技术。搁板的制冷和加热都是通过导热硅油的传热来进行，为了使硅油不断地在整个系统中循环，所以在冻干机管道中加了一个循环泵。
4.液压系统
主要用在冻干机干燥结束时将瓶塞压入瓶口。这是选配功能。
5.控制系统
控制系统有可编程程序控制器、触摸屏、外围继电器、传感器等组成。
